„Simons Geheimnis“ ist durch seine multiperspektivische und verrätselte Erzählstruktur nicht nur die Entwicklungsgeschichte eines Jugendlichen auf der Suche nach seiner Identität, sondern auch ein „Familienroman“. Er zeigt verschiedene „Familienbilder“ und stellt die Bedeutung der Ursprungsfamilie zur Diskussion. Alle drei Protagonisten (Simon, Tom, Sabine) sind mit ihrer (Familien-)Geschichte und Vergangenheit beschäftigt, die ihre Gegenwart mitbestimmt und der sie sich stellen müssen. „Simons Geheimnis“ thematisiert den Aspekt der (personalen oder individuellen) Identität durch die jugendliche Figur Simons, der an der Schwelle zum Erwachsenwerden in seiner Identitätsfindung durch seine Familiengeschichte verunsichert ist. „Simons Geheimnis“ kann auch als Beitrag zum Diskurs über die Bedeutung von Kultur(en) für die Identität und das Verhältnis von Kulturen zueinander verstanden werden. Dies zeigt der Film durch die Internet-Chats, in denen sehr emotional und kontrovers über die Beweggründe (islamistischer) Terroristen diskutiert wird.
